Die größte und älteste Burg an der Straße der Romanik wurde urkundlich erstmals im Hersfelder Zehntverzeichnis 866-899 erwähnt, jedoch dürften ihre Ursprünge noch viel weiter in die Historie zurückreichen. Seit dem 10. Jh. hatte das einflussreiche, mit dem sächsischen Kaiser verwandte Adelsgeschlecht der Edlen Herren von Querfurt hier seinen Stammsitz. Nach dem Aussterben der Hauptlinie im Jahre 1496 wurde die Burg als erledigtes Lehn vom Erzbistum Magdeburg eingezogen und ihre Besitzer wechselten von diesem Zeitpunkt an häufig. Während des Dreißigjährigen Krieges war die Burg Querfurt Schauplatz heftiger Kämpfe. Von 1663-1815 existiert hier ein reichsunmittelbares Fürstentum Sachsen-Querfurt und diente den Herzögen von Sachsen-Weißenfels als Teilresidenz. Im Jahre 1815 ging die Burg schließlich in preußischen Besitz über und wurde landwirtschaftliche Domäne. Nach der Auflösung der Domäne im Jahre 1936 wurden die Gebäude weiterhin für Verwaltungs- und Wohnzwecke genutzt. In den 1930er und 1980er Jahren begann man auf dem Burggelände mit umfangreichen wissenschaftlichen Untersuchungen und Grabungen, welche interessante baugeschichtliche Befunde erbrachten. Heute gehört die imposante Anlage dem Landkreis Saalekreis.